Anatomi og fysiologi er læren om kroppens oppbygning og funksjon. Fysioterapeuter bruker kunnskap om kroppens oppbygning (anatomi) og funksjon (fysiologi) i en rekke oppgaver. Kroppen er en funksjonell enhet, og struktur og funksjon påvirker hverandre ved at endring i struktur kan føre til endring i funksjon, og omvendt. Spesielt viktig er det for fysioterapeuter å ha bred kunnskap om oppbygningen og funksjon til muskel- og skjelettsystemet vårt. Disse to organsystemene har som sin viktigste oppgave å skape bevegelse hos oss mennesker, og kalles derfor også bevegelsesapparatet. Emnet omhandler muskel- skjelettsystemets og nervesystemets oppbygning og funksjon, leddlære, cellebiologi samt grunnleggende biomekanikk.