BIOING2308 Statistikk og anvendt bioinformatikk
- EmnekodeBIOING2308
- Studiepoeng10
- Undervisningssemestre2028 Høst
- Undervisnings- og eksamensspråkNorsk
- UndervisningsstedHamar
- Forkunnskapskrav
Studenten må ha fullført minst 105 studiepoeng i løpet av det første og andre studieåret i Bachelor bioingeniørfag.
Introduksjon til bioinformatikk:
- Hva er databaser og hvordan strukturere og organisere informasjon i en database
- Medisinske og biologiske databaser (tcga (the cancer genome atlas, genbank, pdb, swissprot, osv).
- Hva er databaser og hvordan strukturere og organisere informasjon i en database
- Identifisering av sekvensinformasjon ved hjelp av blast metoder for parvis og multiple sekvenssammenstillinger
- Fylogenetisk analysemetoder for primer design
- Metoder for ”next-generation” sekvensdata analyser
- Metoder for prediksjon av sekundær og 3d struktur til proteiner
- Prediktive verktøy og sanntidsoversikter (som nextstrain.org) til bruk ved eksempelvis pandemier og smitteoppsporinger
Statistikk:
- Dataanalyse og statistiske metoder
- Teoretisk forståelse og forskningskompetanse innen statistikk og dataanalyse
- Utforske og vurdere statistiske metoder: valg av statistisk metode
- Multivariate statistiske teknikker, som regresjon og anova
Læringsutbytte
Ved bestått emne har studenten oppnådd følgende læringsutbytte:
Studenten
- har bred kunnskap om grunnleggende begreper i bioinformatikk og kan gi en oversikt over de viktigste metodene og verktøyene som benyttes innen fagfeltet
- har kunnskap om hvilke typer data som er tilgjengelige fra de mest brukte DNA, RNA og Protein sekvens og strukturdatabasene
- har kunnskap om grunnleggende metodene for sekvenssøk og sekvenssammenstillinger og kan forklare hvordan slike analyser gir informasjon om funksjon og evolusjon av gener og proteiner
- kjenner til nyere metoder for protein modellering og fylogenetiske analyser
- har bred kunnskap om de grunnleggende metoder for ”next-generation” sekvensdata (som genomikk, transcriptomikk, proteomikk) analyser
- har kunnskap om anvendt bioinformatikk innen persontilpasset medisin, og bioingeniørens rolle i faglige beslutningsprosesser, i screeningprogram og standardiserte pasientforløp
- har kunnskap om relevante statistiske metoder, inkludert multivariate teknikker som regresjon og ANOVA, med en forståelse for kompleksiteten og kravene som stilles på bacheloroppgaven innenfor statistikk
- kan oppdatere sin kunnskap innen statistikk og bioinformatiske verktøy
Studenten
- kan finne relevant litteratur ved å utføre litteratursøk
- kan beherske å designe primer til PCR eksperimenter
- kan anvende grunnleggende bioinformatiske analyser og velge ut de mest hensiktsmessige bioinformatiske databasene for å besvare et gitt spesifikt spørsmål innen eksempelvis medisinsk mikrobiologi, molekylærbiologi, og/eller medisinsk biokjemi
- kan anvende eksisterende verktøy for å utføre enkle sekvensanalyser kan velge ut de mest hensiktsmessige metodene for identifisering og sammenstilling av sekvenser, for visualisering og analyse av protein strukturer, og for å utføre fylogenetiske analyser
- Velge og anvende passende statistiske metoder for datadrevne problemstillinger
Studenten
- har innsikt i lover og regler som regulerer opprettelse, godkjenning og bruk av databaser innen fagområdet medisin og helse
- har innsikt i lover og regler (og systemer) som sikrer personvern, informasjonssikkerhet, og pasientsikkerhet
- har innsikt i hvordan informasjonssøk i ulike databaser og nettsider, krever kildekritikk og korrekt kildebruk
- har innsikt i kritisk tenkning og refleksjoner rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet bioinformatikk
- kan planlegge og gjennomføre bioinformatiske analyser som benyttes for å løse et gitt problem i molekylærbiologi
- kan formidle sentralt fagstoff innen statistisk analyse
- kan utveksle synspunkter og erfaringer med andre aktører i helsevesenet om statistiske relaterte temaer
- kan formidle bioingeniørfaglig kunnskap gjennom muntlig og skriftlig presentasjon på norsk individuelt og i grupper
- Forelesninger
- Oppgaveløsning
- Prosjektarbeid i gruppe
- Dataøvelser
Praksis
Intern praksis i form av seks dagers dataøvelse innenfor bioinformatikk og tre dager øvelse innenfor statistiske analyser. Dette er integrerte læringselementer som utgjør en del av emnet og det er krav om 90% tilstedeværelse.
Anvendt bioinformatikk:
- 90% tilstedeværelse i dataøvelser tilsvarende tre dager (seks øvelser)
- To individuelle skriftlige arbeider knyttet til dataøvelsene
Statistikk:
- 90% tilstedeværelse i dataøvelser tilsvarende tre dager inkludert muntlig presentasjon av gruppearbeid
Ved gruppearbeid står alle deltakere i gruppa til ansvar for alt innhold i oppgaven/prestasjonen.
Ikke godkjente skriftlige obligatorisk aktivitet kan omarbeides og leveres inn til ny vurdering én (1) gang før ordinær eksamen.
Ved godkjent fravær fra obligatoriske læringsaktiviteter, gjøres det en vurdering av emneansvarlig om det er mulig å ta igjen manglende aktiviteter.
Godkjente obligatoriske aktiviteter er gyldige til og med påfølgende studieår.
| Vurderingsordning | Karakterskala | Gruppe/individuell | Varighet | Hjelpemidler | Andel | Kommentarer |
|---|---|---|---|---|---|---|
Skriftlig eksamen med tilsyn | ECTS - A-F | Individuell | 4 Time(r) |
| 100 |
Pensum
Ingen pensumliste tilgjengelig for dette emnet