BIOING1204 IKT og anvendt bioinformatikk
- Studiepoeng10
- Undervisningssemestre2024 Vår
- UndervisningsspråkNorsk
- UndervisningsstedHamar
- Forkunnskapskrav
Emnene BIOING1106 Medisinsk cellebiologi, BIOING1201 Basal biokjemi og BIOING1202 Molecular biology and genetics må være bestått.
Introduksjon til bioinformatikk:
- hva er databaser og hvordan strukturere og organisere informasjon i en database
- medisinske og biologiske databaser (GenBank, PDB, SwissProt, osv).
- identifisering av sekvensinformasjon ved hjelp av BLAST metoder for parvis og multiple sekvenssammenstillinger
- metoder for primer design og ”next-generation” sekvensdata analyser
- metoder for proteomikk data analyse og prediksjon av sekundær og 3D struktur til proteiner ved bruk av web-baserte verktøy
- metoder for fylogenetisk analyser av sekvenser
- prediktive verktøy og sanntidsoversikter (som Nextstrain.org) til bruk ved eksempelvis pandemier og smitteoppsporinger
Introduksjon til IKT:
- hva er informasjons- og kommunikasjonsteknologi (IKT) og hvilken funksjon har IKT innenfor medisinske laboratorier og helsevesenet som helhet
- grunnleggende faguttrykk innenfor IKT og standardisering av begrepsbruk
- lover og regler om informasjonssikkerhet, datasikkerhet, pasientsikkerhet og personvern
- sammenhenger og organisering av IKT innenfor helsesektoren
- elektronisk pasientjournal
- laboratorieinformasjonssystemer (LIS), mellomvareløsninger og styringssystemer for analyseinstrumenter
- kunstig intelligens (AI) og mønstergjenkjenning
Læringsutbytte
Ved bestått emne har studenten oppnådd følgende læringsutbytte:
Studenten
- har bred kunnskap om grunnleggende begreper i bioinformatikk og kan gi en oversikt over de viktigste metodene og verktøyene som benyttes innen fagfeltet
- har kunnskap om hvilke typer data som er tilgjengelige fra de mest brukte DNA, RNA og Protein sekvens og strukturdatabasene
- har kunnskap om grunnleggende metodene for sekvenssøk og sekvenssammenstillinger og kan forklare hvordan slike analyser gir informasjon om funksjon og evolusjon av gener og proteiner
- kjenner til nyere metoder for protein modellering og fylogenetiske analyser
- har bred kunnskap om de grunnleggende metoder for ”next-generation” sekvensdata (som genomikk, transcriptomikk, proteomikk) analyser
- har kunnskap om anvendt bioinformatikk innen persontilpasset medisin, og bioingeniørens rolle i faglige beslutningsprosesser, i screeningprogram og standardiserte pasientforløp
- har kunnskap om den overordnede, grunnleggende oppbyggingen og organiseringen av IKT ved medisinske laboratorier og innen helsevesenet som helhet
- kjenner til ny og innovativ informasjonsteknologi og kunstig intelligens (AI), herunder laboratorieinformasjonssystemer (LIS), mellomvareløsninger og styringssystemer for analyseinstrumenter
- kan oppdatere sin kunnskap innen IKT og bioinformatiske verktøy
Studenten
- kan finne relevant litteratur ved å utføre litteratursøk
- kan beherske å designe primer til PCR eksperimenter
- kan anvende grunnleggende bioinformatiske analyser og velge ut de mest hensiktsmessige bioinformatiske databasene for å besvare et gitt spesifikt spørsmål innen eksempelvis medisinsk mikrobiologi, molekylærbiologi, og/eller medisinsk biokjemi
- kan anvende eksisterende verktøy for å utføre enkle sekvensanalyser kan velge ut de mest hensiktsmessige metodene for identifisering og sammenstilling av sekvenser, for visualisering og analyse av protein strukturer, og for å utføre fylogenetiske analyser
- kan beherske grunnleggende begreper innen IKT, har digital kompetanse og kan anvende IKT-systemer i henhold til lover og regler om datasikkerhet og personvern
Studenten
- har innsikt i lover og regler som regulerer opprettelse, godkjenning og bruk av databaser innen fagområdet medisin og helse
- har innsikt i lover og regler (og systemer) som sikrer personvern, informasjonssikkerhet, og pasientsikkerhet
- har innsikt i hvordan informasjonssøk i ulike databaser og nettsider, krever kildekritikk og korrekt kildebruk
- har innsikt i kritisk tenkning og refleksjoner rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet bioinformatikk
- kan planlegge og gjennomføre bioinformatiske analyser som benyttes for å løse et gitt problem i molekylærbiologi
- kan formidle sentralt fagstoff innen IKT og bioinformatikk innen fagfeltet
- kan utveksle synspunkter og erfaringer med andre aktører i helsevesenet om IKT- og bioinformatiske relaterte temaer
- forelesninger og oppgaveløsning
- prosjektarbeid i gruppe
- dataøvelser
Praksis
Intern praksis i form av fire dagers dataøvelse innenfor bioinformatikk. Dette er et integrert læringselement som utgjør en del av emnet og det er krav om 100% tilstedeværelse.
Anvendt bioinformatikk:
- 100% tilstedeværelse i dataøvelser tilsvarende fire dager
- to-fire individuelle skriftlige arbeider knyttet til dataøvelsene
IKT:
- en prosjektoppgave i gruppe på to-tre med muntlig posterpresentasjon
Ved gruppearbeid står alle deltakere i gruppa til ansvar for alt innhold i oppgaven/prestasjonen.
| Vurderingsordning | Karakterskala | Gruppe/individuell | Varighet | Hjelpemidler | Andel | Kommentar |
|---|---|---|---|---|---|---|
Skriftlig eksamen med tilsyn | ECTS - A-F | Individuell | 4 Time(r) |
|
Pensum
Ingen pensumliste tilgjengelig for dette emnet