KIUA2007 Anvendt bioinformatikk for sekvensdataanalyse
- Studiepoeng10
- Undervisningssemestre2026 Vår
- UndervisningsspråkNorsk
- UndervisningsstedHamar
- Forkunnskapskrav
Ingen.
Store data fra biologiske metoder må behandles på en spesifikk måte. Bioinformatikk er et fagfelt som bruker informatikk for å behandle store data og biologisk informasjon. Til å utføre bioinformatiske analyse trenger man data, databaser og nødvendige verktøy. Finne den riktige type data eller verktøy er ikke en lett prosess, derfor dekker vi i dette kurset
- Hva er databaser og hvordan strukturere og organisere informasjon i en database.
- Identifisering av sekvensinformasjon ved hjelp av sekvenssammenstillinger av teknikker.
- Metoder for ”next-generation” sekvensdata analyser.
- Metoder for fylogenetisk analyser av sekvenser.
- Metoder for proteomikk og metabolomikk data analyse
- Kombinering analyse Omics data
Læringsutbytte
Ved bestått emne har studenten oppnådd følgende læringsutbytte:
Studenten har
- bred kunnskap om grunnleggende begreper i bioinformatikk og kan gi en oversikt over de viktigste metodene og verktøyene som benyttes innen fagfeltet
- kunnskap om hvilke typer data som er tilgjengelige fra de mest brukte DNA, RNA og Protein sekvens og strukturdatabaser
- kunnskap om de grunnleggende metodene for sekvenssøk og sekvenssammenstillinger og hvordan slike analyser gir informasjon om funksjon og evolusjon av gener og proteiner
- kjennskap til metoder for fylogenetiske analyser
- bred kunnskap om de grunnleggende metoder for ”next-generation” sekvensdata (som genomikk, transcriptomikk, epigenomikk, proteomikk) analyser
Studenten kan
- finne relevant litteratur ved å utføre litteratursøk
- anvende grunnleggende bioinformatiske analyser og velge ut de mest hensiktsmessige bioinformatiske databasene for å besvare et gitt spesifikt spørsmål innen eksempelvis medisinsk mikrobiologi, molekylærbiologi, og/eller medisinsk biokjemi
- beskrive hvordan PCR fungerer, og design PCR primer
- anvende eksisterende verktøy for å utføre enkle sekvensanalyser kan velge ut de mest hensiktsmessige metodene for identifisering og sammenstilling av sekvenser, og for å utføre fylogenetiske analyser
- benytte teknikker for å integrere ulike datakilder, som genomikk, transkriptomikk, epigenomikk, proteomikk og metabolomikk, for å få helhetlig innsikt i komplekse biologiske systemer
Studenten kan
- planlegge og gjennomføre bioinformatiske analyser
- utveksle synspunkter og erfaringer med andre om AI og ML i bioinformatikk
- diskutere etiske spørsmål rundt bioinformatikk, inkludert personvern og ansvarlig forskningspraksis
- utøve kritisk tenkning og refleksjoner rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet bioinformatikk
- Emnet er gjennomført som en kombinasjon av forelesninger, digital lab, selvstudium og veiledning.
- 100% deltakelse på digitale lab-øvelser i henhold til undervisningsplanen for emnet
Obligatoriske arbeidskrav som er bestått er kun gyldig i 12 måneder. Studenter som ønsker å ta opp eksamener etter 12 måneder, må bestå de obligatoriske arbeidskravene på nytt ved neste ordinære gjennomføring av emnet.
- 4 timer skriftlig eksamen med tilsyn
Oppgaven vurderes med graderte bokstavkarakterer fra A-F, der E er laveste ståkarakter.
Studenten kan velge hvilket språk som benyttes i egen gjennomføring av eksamen. Valg er bokmål, nynorsk eller engelsk.
| Vurderingsordning | Karakterskala | Gruppe/individuell | Varighet | Hjelpemidler | Andel | Kommentar |
|---|---|---|---|---|---|---|
Skriftlig eksamen med tilsyn | ECTS - A-F | 4 Time(r) |
| 100 |